Uno de los objetivos del Plan de Trabajo del Proyecto PLANETA PAZ para la segunda etapa (2002) tenía que ver con el apoyo a la construcción de conocimiento para cualificar los procesos sectoriales e intersectoriales de construcción de Agenda fortalecimiento de líderes y organizaciones. Para su desarrollo, desde el inicio del Proyecto, se han generado procesos de acercamiento, discusión y trabajo con los sectores sociales populares en la identificación de sus propuestas de Agenda sectorial e intersectorial y como mecanismo directo para apoyar esta tarea se conformaron a fines del año 2001, ocho Comisiones Temáticas o grupos de trabajo y producción de conocimiento creados alrededor de ejes temáticos, dedicados al desarrollo de propuestas de Agenda social, e integrados especialmente por líderes de los doce sectores sociales populares con los cuales interactúa el Proyecto, por académicos de universidades, institutos y ONG, estudiantes universitarios e integrantes del Equipo de Animación del Proyecto.